Vergleichbarkeit erzielter Forschungsergebnisse ist in allen Teilbereichen der Wissenschaft unverzichtbar, so auch in den Lebenswissenschaften. Die Notwendigkeit diese Ergebnisse innerhalb nationaler und internationaler Projekte miteinander, aber auch über Projektgrenzen hinaus, zu kommunizieren, erfordert die Standardisierung von Arbeitsmethode und Ergebnisrepräsentation. Im Bereich der Datenerhebung und -speicherung wird die Nutzung von Standardprotokollen bereits praktiziert. Dieselben Gründe, die zur Verwendung standardisierter Methoden in den Laboren führten, gelten nun für Forschungsprojekte, die sich der mathematischen Modellierung und Computersimulation biologischer Systeme bedienen. Auch hier müssen Vorgänge dokumentiert und Ergebnisse gespeichert werden. Standards erlauben dabei den Austausch, die Wiederverwendung und die Reproduzierbarkeit der Ergebnisse. Um die in einem Artikel beschriebenen Simulationsergebnisse zu reproduzieren, genügt es nicht die dem Modell zugrunde liegenden Gleichungen zu studieren. Auch die Wahl des Algorithmus zur Berechnung des Modells, sowie die Parameterabschätzungsverfahren sind von Bedeutung, da sie das Simulationsergebnis beeinflussen können. Hier verbessert der Einsatz von Meta-Informationen die Möglichkeiten der Wiederverwendung und Modellkopplung. Die direkte Wiederverwendung von Simulationsexperimenten reduziert die Fehler. Dies führt zu einer besseren Qualität der wissenschaftlichen Ergebnisse in der computergestützten Biologie.

Das Projektvorhaben widmet sich der Weiterentwicklung von Techniken zur wiederverwendbaren Kodierung von Simulationsexperimenten. Es sollen verschiedene Experimenttypen (z.B. Zeitreihen, Bifurkationsanalyse, Sensitivitätsanalyse) auf ein XML-Format abgebildet werden. Ziel ist es, dieses Format in verschiedenen Bereichen der computergestützten Biologie zu etablieren (z.B. Systembiologie und Neuroinformatik). Ein zweites Projektziel ist die Entwicklung von Techniken zur Versionskontrolle der kodierten Simulationsexperimente und der assoziierten Modelle. Es sollen bestehende Konzepte aus dem Bereich Datenbank- und Informationssysteme auf die Versionierung von biologischen Modellrepräsentationen angewandt und gegebenenfalls angepasst werden. Der Austausch von Modellen und dazugehörigen Simulationsexperiment-Beschreibungen minimiert die Entwicklungsdauer für Modelle, da die Reproduzierbarkeit publizierter Ergebnisse erleichtert wird und damit auch das Studium der Modelle. Hierzu leistet das Projektvorhaben einen Beitrag, indem es ein meta-informations-zentriertes Modell- und Simulationsmanagementsystem skizziert.