Ziel des Projektes ist die Entwicklung und Kombination geeigneter Algorithmen zur effektiven und effizienten Simulation von Brownscher Moleküldynamik. Die Ergebnisse der Simulationen auf Mikroebene sollen die Analyse von zellulären Prozessen unterstützen, die nicht auf höheren Abstraktionsebenen abgebildet werden können (bspw. Molecular Crowding).

Stichwörter: Diskret-ereignisorientierte / hybride Simulation, Grid-computing, Multi-resolution simulation, Stochastic Simulation Algorithm (SSA), Gillespie Algorithmus, Next Subvolume Methode

Das Ziel dieses Projektes ist die Erstellung eines Modellierungs- und Simulationsframeworks, welches sich für die Entwicklung spezialisierter Modellierungs- und Simulationsumgebungen eignet und eine Basis für die Erforschung von Modellierungs- und Simulationsmethoden, für die Simulation komplexer, heterogener Modelle darstellt und sich zudem für die Lehre von Modellierung und Simulation eignet. Im Laufe des Projekts wurde die Fokussierung auf Agentensysteme als nicht notwendig und auch nicht sinnvoll befunden: dadurch ist ein flexibles Framework entstanden, welches sich für unterschiedlichste Modellierungsparadigmen eignet. So wird das entwickelte Framework und insbesondere die dafür/darin entwickelten Methoden zunehmend in unterschiedlichen Anwendungsdomänen verwendet. Durch die konsequente Weiterentwicklung umfasst das Framework mittlerweile nahezu alle relevanten Techniken der Modellierung und Simulation und stellt durch die Fülle an Möglichkeiten und Synergien zunehmend eine Basis für die Bearbeitung neuer und bisher nicht oder nur selten durchführbarer Forschungsaufgaben dar.

Ziel des Projektes ist die Entwicklung von Methoden der Modellierung und Simulation, die sich an den Herausforderungen des Anwendungsbereiches Systembiologie orientieren und die Beschreibung bzw. Analyse von dynamischen Systemen auf unterschiedlichen Abstraktionsebenen unterstützen. Dazu werden konkrete Modelle erstellt. Das Projekt kombiniert Forschungsarbeiten auf dem Gebiet der Entwicklung von Methoden der Modellierung und Simulation mit Forschungsarbeiten, die die Erstellung von Modellen zum Gegenstand haben.