Zelluläre Systeme werden zunehmend als Gemeinschaft autonomer Entitäten interpretiert.  Diese Systeme sind durch die Komplexität ihrer Struktur, z.B.  in Anzahl und Heterogenität der Entitäten, und durch die Komplexität ihrer Dynamik, z.B. durch Integration unterschiedlich schnell ablaufender Prozesse und sich verändernde Interaktionen, Kompositionen und Migration, gekennzeichnet.  Daher bietet sich dieses Anwendungsgebiet hervorragend dazu an, die in James II realisierten Modellierungs- und Simulationskonzepte zu erproben. Dazu wurden Modelle der Tryptophan-Synthase und des Tryptophan Operons entwickelt. Beide Modelle sind diskret-ereignisorientierte Mehrebenenmodelle mit mehreren tausend Individuen. Das Tryptophan Operon Modell nutzt die Möglichkeiten der Wiederverwendung einzelner Modellkomponenten aus dem Tryptophan Synthase Modell. Zudem wird intensiv von variablen Strukturen Gebrauch gemacht, um die genregulatorischen Prozesse des Tryptophan Operons zu simulieren.